Alasan Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) harus diterapkan di Indonesia adalah sebagai berikut:

Pertama, Wilayah Indonesia yang sangat luas, sehingga pemerintah pusat akan kesulitan untuk menjangkau diseluruh sekolah yang ada.

Kedua, Jumlah sekolah yang sangat banyak. Menurut kemdikbud untuk SD sederajat sebanyak 179.883, SMP sederajat 59.430, SMA sederajat 22.993, dan SMK 14.498 . Sehingga untuk melaksanakan pengawasan pendidikan yang sentralistik tidak akan berhasil.

Ketiga, Budaya yang dimiliki bangsa Indonesia sangat banyak dan beragam, sangat sulit penerapan sentralistik dilakukan. Sebagai contoh: sekolah di Jawa Tengah terdapat mata pelajaran Bahasa Jawa, di Bali ada mata pelajaran Bahasa Bali dan sebagainya.

Keempat, Jumlah sekolah yang didirikan oleh swasta seperti yayasan atau badan hukum yang lain sangat banyak. Sebagai contoh, di Kabupaten Pemalang terdapat 56 SMK. Dari 56 SMK tersebut, SMK Negeri hanya 4 sekolah, 52 SMK adalah SMK swasta  Masing-masing yayasan atau badan hukum yang mendirikan sekolah pasti memiliki visi misi dan cita-cita yang berbeda-beda dan tidak mungkin diseragamkan.

Kelima, Keuangan masing-masing Pemerintah Daerah (Pemda) berbeda-beda. Apa Pemda yang mengalokasikan APBD untuk pendidikan yang cukup besar sehingga fasilitas sekolah dan penunjang pendidikan lain di daerah tersebut terpenuhi, tetapi adapula Pemda yang mengalokasikan APBD untuk pendidikan kecil, sehingga hanya kebutuhan pokok saja yang ada di sekolah. Hal ini menyebabkan kondisi sekolah antar daerah sangat beragam dan sulit diseragamkan.

Keenam, Kebutuhan Dunia Usaha/Dunia (DU/DI) Industri yang berbeda-beda meskipun dengan kompetensi yang sama. Sebagai contoh, Jurusan Akuntansi SMK Budiman bekerjasama dengan DU/DI KAP (Kantor Akuntan Pajak) Surakarta, sehingga kurikulum yang digunakan sudah disinkronkan dengan KAP, siswa-siswinya lebih ditekankan pada kompetensi perhitungan laporan keuangan dan pajak. Misalkan dengan UKK Akuntansi. Sedangkan Jurusan Akuntansi SMK Islam bekerjasama dengan DU/DI BKK (Bank Kredit Kecamatan) , sehingga siswa-siswinya lebih ditekankan pada kompetensi perbankan. Begitu juga sama-sama jurusan teknik sepeda motor (TSM) sekolah A bekerjasama dengan Honda sedangkan sekolah B bekerjasama dengan Yamaha.